1. 부가세 부분

"한전과 전기사용계약을 맺은 업체가 계약을 지키지 않아 받은 위약 추징금에 부가세를 적용했다." 고 하는데요
위약금에 부가세를 붙이는게 일반적인 양태는 아닙니다.
이 부분은 한전에서 세무쟁송 들어가지 않을까 싶습니다.

뭔가 이유가 있으니까 국세청에서 부가세 대상이라고 판단하긴 했겠죠...?
그래도 하여튼 일반적으로 위약금 또는 추징금은 부가세 대상이 아닙니다.

2. 법인세

한전 관계자 해명("법인세 차감 항목인 비용에 대한 과세 시기를 달리 본 것"이라며 "선 과세하고 후에 낼 법인세가 줄어드는 개념이라 추징이라고 말할 수 없다"고 해명했다)으로 봐서는 그냥 단순 과세 시기 판단의 문제인 것 같네요.
그럼 생각하시는 탈세의 범주에 들어가는 부분은 아닙니다.