[짧은 답]
프로그램이 Windows의 키보드 입력 API를 예전 것을 사용하거나, Windows에서 자체적으로 예전 API를 써야겠다고 판단할 경우 그런 상황이 발생합니다.

[긴 답]
한글은 자음과 모음을 조합하도록 되어있는데, 컴퓨터는 이 자모를 한꺼번에 조합한 글자를 인식해서 출력하도록 되어 있습니다. 그런데 자모를 조합하는 도중에는 이게 완성된 글자인지 아닌지 알 수 없기 때문에 키보드 입력을 글자로 변환할때 1:1 매칭이 아닌 중간 과정을 거치게 되고, 이때 왼쪽 상단에 글자가 만들어지는 경황이 표시되는 경우가 있습니다.
(예: '이'를 입력한 경우, 컴퓨터 입장에서는 저 '이'가 그 자체로 완성된 글자인지, 아니면 다음 자모를 입력하는 도중인지를 알 수가 없습니다. '이별'과 '입력' 모두에 '이'가 들어가죠)

문제는 이게 어느 프로그램에서는 보이고 어느 프로그램에서는 안보이는 경우가 있다는 건데, 그건 Windows 입력도구 환경(Windows IME/Input Method Environment) API를 예전 것을 사용하거나, Windows가 자체적으로 최신 버전의 API 적용에 문제가 있어서 fallback이 필요하다고 판단할 경우 발생합니다. 불편하신 경우, 저걸 IME 설정에서 지우는 방법이 있었던 걸로 기억합니다만, 어떻게 해야 하는지 기억은 잘 안 나네요(게다가 Windows 10의 경우 IME를 아예 새로 설계한 터라 이전 방식이 적용이 안 될 수도 있습니다.)