제일 많이 쓰는게 Impact Factor(IF)라고 하는 것이고 피인용수를 기준으로 매기는 방식이 있습니다... 만 함정이 있습니다. 일단 의학계열 논문이 너무 높게 나오고(의학계열은 전체 학문 중에서 가장 많은 논문 숫자가 나오며 가장 많은 펀딩을 받거니와 특성상 인용이 많을 수 밖에 없어서 서로 피인용수를 올려줍니다), 리뷰 논문이 과대평가를 받습니다. 일단 이걸로 줄세우기 하면 1-5등은 거진 의학논문입니다. 가끔 이제 논문이 적지만 한 번 제대로 된 게 나오면 그 학계를 뒤집는 경우(결정학 관련 저널이 특히 그러한데)에 여기에 끼어들기도 하고... 네이쳐-사이언스는 이 줄세우기로는 10위 근처에서 왔다갔다 합니다. 그러나 의학계열 논문과 달리 과학 전반을 다루는 두 저널의 평가는 당연히 높을 수 밖에 없죠.
엄밀하게 따지면 과학 저널의 급은 피어 리뷰가 제일 정확합니다. 즉, 그쪽 전공자들이 생각하는 순위가 현존하는 모든 객관적인 줄세우기보다 더 의미있는 순위입니다. 다루는 분야가 다르면 저널끼리 줄을 세우는 것도 무의미하고요. 고로 전공자에게 물어보는게 제일 빠릅니다(..)

분야마다 워낙 차이가 커서 말씀드리기 어렵습니다만 주변 연구자들 의견을 종합해 생물 분야만 말씀드리면

1. 갓티어(포닥 때 한 편 쓰면 국내에 괜찮은 잡을 가질 수 있음) if 20~30점대
- NCS(셋 중에서도 네이처가 제일 높게 치는 것 같습니다)
- 다음으로는 네이처 자매지(Nature Medicine, biotechnology 등등)
- 개인적인 느낌은 아이디어도 좋고, 실험 데이터도 확실한 논문들이 실리는 곳입니다.
- 실험 한 내용을 보면 입이 쩍 벌어지는 경우가 많습니다(특히 Cell).

2. 인간계 최강자(학위 과정 중에 쓰면 미국 명문대 포닥 갈 수 있음, 국내 출연연에서 1년에 5~10편 이내 나오는 수준) if 10점대
- PNAS, eLife, 네이처 커뮤니케이션
- 화학쪽에 비슷한 분야로 앙게반테 케미, JACS(?) 신경과학에 Neuron
- 제가 제일 좋아하는 논문은 PNAS입니다. 톡톡 튀는 아이디어들이 많아요. 대신 실험 데이터는 좀 약함.

3. 열심히 실험했음(학위 과정 중에 쓰면 미국 포닥 갈 수 있음) if 3~5점
- Journal of biochemistry 같은 알짜 저널들
- 보통 아이디어, 탄탄한 데이터

4. 논문 나왔음! if 1점대
- PLOS 시리즈(PLos, PLos biology 등등)
- 사이언티픽 리포트(사이언스 자매진데 수준이 높지는 않음. 모 교수는 그 잡지 보지말라고 할 정도)
- Trends in 시리즈(셀 자매지)
- 그래도 무시할 수 없는 게 개소리도 많지만, 그 개소리 중에 가끔 대박이 터져서 몇백번씩 인용되고 그러죠.

갓티어 등은 열외로 놓고...
분류(카테고리)마다 매해 출판되는 수도 다르고 하다 보니 IF 레벨이 많이 다르기 때문에, 타분야간 IF 비교는 잘 하지 않고 분류내에서 IF 순위가 어떠한가로 비교들 합니다.
http://admin-apps.webofknowledge.com/JCR/JCR?RQ=HOME 가셔서
View a group of journals by [Subject Category], 하시고 submit 누르시면 분류를 선택할 수 있습니다.
원하시는 분류를 선택하시고 View Journal Data - sort by [Impact Factor] 하시면 Impact Factor 별로 정렬해 줍니다. 다른 점수도 선택할 수 있구요.
이런 분류 내에서 상위 25% 안에 들면 Q1이라 부르고 나쁘지 않은 저널이라 보시면 됩니다. Q4라고 하면 제일 하위 25%란 뜻이구요.

특정 저널을 찾고 싶으시면 첫화면에서 [Search for a specific journal] 하신 후에 저널명이나 ISSN 등으로 검색하시고,
Journal Rank in Categories: [Journal Ranking] 누르시면 해당 저널이 관련 분야들 중에 몇 위인지 보여줍니다.