빨간 부분에 힘이 들어오신다면 풀스쿼트로 완전히 주저앉으면서 운동을 수행하셨나 봐요. 그럼 앉을 때, 일어설 때 하중이 무릎 주변 근육에 집중되면서 근육통이 생깁니다.
파란 부분에 힘이 들어가는 경우는 완전히 주저앉지 않고 주저앉기 직전에 힘을 줘서 버틴 상태입니다. 그럼 하중이 허벅지와 허리에 실립니다.

결론적으로는 이상하지 않습니다. 상체와 허리만 힘 줘서 세우면서 내려가기만 하면 돼요. 말하자면 일종의 스타일 문제라고 볼 수 있어요.
그런데 계속해서 같은 자세로 스쿼트를 수행하면 피로가 쌓이고, 피로가 쌓이면 근육통을 피해 동작이 흐트러질 수도 있어요.
PT 때는 PT 선생님의 스타일을 완전히 흡수하시고, 그 뒤 혼자 하실 때는 좀 덜 내려가는 스타일을 병행하셔서 하체를 골고루 단련해 주세요.