1. 저도 40분은 너무 긴 것 같구요.차라리 10개나 20개씩 세트로 끊어서 세트간 쉬는시간을 제한하면서 가는게 맞다고 생각합니다.
2. 단순 근지구력을 기르기 위한거면 몰라도 근육을 성장시키고 싶으시다면 윗 분 말씀처럼 가방에 아령넣고 하시든 다른 방법이든 간에 중량을 쳐야합니다.
3.허벅지 대퇴쪽은 개인 경험상 한 번 제대로 할 때마다(말씀하신 것처럼 후유증이 심할정도로) 훅훅 성장하는 느낌이 있는데, 이 때 주의하셔야할 것이 허벅지 근육을 전체적으로 골고루 발달시켜주셔야 한다는 점입니다. 한 가지 자세 혹은 운동만 반복하다보면 늘 쓰는 근육만 발달하게 되는데, 그러면 이에 대한 길항근이 못버텨서 끊어지는 부상을 겪는 경우도 많습니다. 대충 쉽게 생각하면 내가하는 스쿼트가 주로 허벅지 앞이나 옆면 근육을 쓴다하면 다른 운동을 통해 허벅지 후면,엉덩이를 쓰는 운동을 해주셔야 안전한 성장이 가능합니다.
4.무릎이나 정강이 등 관련 관절이 아픈 건 당연하다고 봅니다.다만 통증이 심할경우 염증으로 발달할 수 있으니, 쉬어주세요.

1. 그냥 몸이 적응하는거죠. 체중이 많이 안나가면 횟수를 많이하실수 있습니다.
맨몸 스쿼트면 무릎이나 고관절에 별 부담이 없으니 ATG (Ass to Ground) 로 해보세요.

2. 걸리는 시간을 단축하는게 좋습니다.

3. 질문자님 정강이가 약한 편이여서 그런겁니다. 계속 하다보면 나아집니다.

조언
1. 스쿼트만 하기 좀 이상하면 런지도 해보시기 바랍니다. 런지도 맨몸으로 하기 좋은 운동입니다.
2. 만약에 전날보다 잘 못하겠으면 격일로 운동해보시기 바랍니다. 근육이 커질수록 회복속도가 느려지거든요.
3. 근육을 키울거면 헬스장가서 바벨이랑 머신 운동을 해야합니다. 건강에만 관심있으면 지금 하시는대로 하셔도 충분합니다.

건강하세요^^