이건 걍 제 추측이고 한데......
제 생각에 이건은 안보실 차장+ 국방장관+ 해병대 1사단장의 MB청와대시절 친분관계 뭐시기가 원인이 아닙니다.
분명하고 명백한 대통령의 지시가 있었다고 생각해요.

1 국방장관은 태연하게 자기랑 친분이 있었던 사람을 과실치사 혐의로 적시한 보고서에 사인해줬음.
2 어쨌든 김태효 차장은 본인이 자기 입으로 사단장과의 인연때문에 봐줬다는 의혹을 직접 부인했습니다.
비록 익명코멘트이긴 했지만 발언이 김태효 차장으로부터 나온것은 명백해보이고
또 다수의 기자들이 김태효 차장의 발언을 직접 목격했을것(https://redtea.kr/news/35783)
김태효 차장이 거짓말을 하지 않았다고 생각할 여지가 충분하다고 전 생각해요.
3 아무리 대통령 안보실 차장이 직접 국방장관에게 지시했다고 해도
장관 / 사령관이 저렇게까지 태도를 180도 바꾸게 만들만한 힘이 있는 자리가 차장자리인가?
하는 의구심이 있습니다.
더군다나 어떻게 보더라도 장관은 차장의 부하가 아닙니다.
사단장의 혐의를 삭제하는 것에 대통령의 의중이 실려있다는 확신이 없었다면
장관이 저렇게까지 무리해가며 태도를 급변할 이유가 없다고 전 생각합니다.

군검찰이 경찰에 이미 이첩된 자료를 다시 가져올수 있는 법적 근거도 없고
경찰이, 이미 이첩받은 자료를 군검찰에 되돌려줄수 있는 법적 근거도 없습니다.
지금 저 프로세스에 어떤 식으로든 손댄 사람들, 어떤식으로든 수사받고 법정에 설겁니다.
야당은 지금 특검까지 거론하고 있습니다.
이런 큰 건에 분명하고 명백한 대통령 의중이 없었다고는 ... 전 상상하기 힘듭니다.