답변 감사합니다.

두개의 conf 파일이 있고 각각의 경로도 알고 있는데요.
apachectl 실행시 service httpd 와 동일한 동작을 하게끔 하고 싶습니다.
그냥 service를 계속 쓰면 되기는 하는데, SSL 셋팅을 위해 Let's Encrypt 자동화 도구인 certbot을 쓰려고 하니 apachectl graceful stop 단계에서 에러가 나서... 관련 부분 살펴보다가 이 질문을 올렸습니다.
일단 제일 시급한 목표는 Let's Encrypt로 SSL 설정을 하는 것이구요. (이게 안되어서 새 서버를 사놓고 아직 못쓰고 있습니다)

apachectl configtest 과 httpd -t 는 모두 AH00558: httpd: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using localhost.localdomain. Set the 'ServerName' directive globally to suppress this message
Syntax OK 라는 메시지가 나오네요.

일때문에 답변이 늦었습니다. ssl 업데이트 때문이시군요... 마음 이해됩니다.
cerbot-auto 실행 중 apachectl graceful stop에서 멈추신 에러인것 같아서 조금 구글링해봤으니 먼저 링크를 공유드립니다(Error while running apachectl graceful. 에러인것 같더라고요.)
문제: https://github.com/certbot/certbot/issues/5439#issuecomment-365789137
해결1: https://github.com/certbot/certbot/issues/5439#issuecomment-381447027
실마리: https://github.com/certbot/certbot/issues/5439#issuecomment-381870072
해결3: https://github.com/certbot/certbot/issues/5439#issuecomment-382034179

핵심은 certbot-auto 0.22.x 이하 버전에서 메모리 얼로케이션 에러 비스무리한게 뜨는 것 같습니다. (사실 apachectl graceful과 증명서 갱신 그 자체와는 별 연관없는 문제이지만, 에러로 전 프로세스가 종료되버려서 인증까지 가지 못하고 failed가 뜨는 것 같네요.)

0.23을 업데이트하고 해결이 됐다는 다른 글타래가 해결1이고, 주인이 실마리와 해결3으로 해결을한듯합니다.
certbot디렉토리의 renewal/exmon.com.conf파일에 pre_hook과 post_hook으로 apachectl을 종료하고 켜는 스크립트를 넣었습니다.

pre_hook = apachectl -k stop
post_hook = apachectl -k start

제 환경에서 테스트해본 것은 아니라 확실하지는 않지만 이걸로 해결이 된다면 다행입니다.

처음 말씀하신것처럼 certbot이 인식하는 기본 아파치가 apachectl이라서 현재 conf파일을 인식하지 못하나보네요...
아마 위의 언급하신대로 apachectl의 기본경로에 ssl이 설치되어 생기는 문제로 보입니다.
apachectl -k stop하시고 service httpd start하면 아마 사이트 보이지 않을까 싶긴 한데...
말씀하신건 아래와 같은 SSLEngine 등의 키워드를 /etc/httpd/conf.d/에서 grep -n하시면 바로 찾으실 수 있을거 같아요.

예)
<VirtualHost 192.168.0.1:443>
DocumentRoot /var/www/html2
ServerName www.yourdomain.com
SSLEngine on
SSLCertificateFile /path/to/your_domain_name.crt
SSLCertificateKeyFile /path/to/your_private.key
SSLCertificateChainFile /path/to/DigiCertCA.crt
</VirtualHost>

원론적으로는 apachectl과 httpd가 같은 디렉토리를 보게 하면 될 것 같긴하네요. which apachectl과 which httpd의 결과, 혹은 rpm -qf /sbin/httpd와 rpm -qf /sbin/apachectl의 결과를 알 수 있을까요?

고생이 많으십니다...
현 httpd 위에서 certbot --webroot을 이용해 다시 발급을 받아보는 것도 좋겠습니다.
(혹시 아래의 방법도 해보셨다면 그냥 알려주시면 다른 방법도 알아보겠습니다.)

certbot certonly --webroot -w {documentRoot 위치} -d {임의의 도메인}

이렇게 하면 증명서 발급을 진행하기 위해 {DocumentRoot}/.well-known/acme-challenge/{hash} 디렉토리를 스스로 만들고
acme-challenge 측에서 해당 임의 도메인의 well-known 주소로 접속해 바로 발급은 됩니다.
(증명서는 /etc/letsencrypt/{임의의 도메인}/archive/{키 파일} 로 저장되니, 발급이 잘 되었는지 디렉토리에서 최종 파일의 날짜를 직접 확인해보시기 바랍니다.)
그다음 httpd 의 ssl.conf 해당 virtualhost에 아래의 네줄을 추가하고 service httpd reload 하시면 될 것으로 보입니다만 ...

SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/{도메인}/cert.pem;
SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/{도메인}/privkey.pem;
SSLCertificateChainFile /etc/letsencrypt/live/{도메인}/chain.pem;