이게 보건복지부뿐만 아니라 다른 부서도 그랬으면 좋겠는데 현실적으로는 잘 안 됩니다.
일단 각 분야의 전문인이 장관직에 뜻이 있는 경우가 없습니다. 특히 정부가 바뀌면 장관은 무조건 바뀌고 임기 중에도 이슈가 생기면 장관이 책임지고 갈리기 때문에 아무도 안 하려고 한다고 보시면 됩니다. 예전에 1급 공무원 중에 장관을 공모(를 가장한 강제 임명)하던 시절이 있었는데 대부분 기피해서 1급 TO가 나도 2급으로 버팅기다가 정년퇴임하는 경우가 많았다고 들었습니다. 하도 그래서 지금은 고위공무원단으로 통합하고 그 중에서 장관직을 공모하는 데도 안 나와서 어쩔 수 없이 외부에서 인력 충원을 하는 게 현실입니다.
공무원의 최고 장점이 정년보장아니겠습니까. 괜히 장관직 공모 지원해서 청문회 고생하고 외부에 노출되서 욕먹고 이슈 생기면 짤릴까 걱정하느니 그냥 안 하고 말겠다는 인식이 생길 수 밖에 없는 게 현실입니다.

보건복지부 예산은 2014년 기준 사회복지 분야가 81% 보건 분야가 19% 이고 이 보건 예산 19%는 보건의료 4.1% + 건강보험 14.9%로 구성되어 있네요. 즉 건강보험은 사회복지 예산과는 구분되어 있으며 따라서 전국민 건강보험을 근거로 복지 예산이 곧 보건예산이다라고 보기에는 어려운거 같네요...
[보건복지연보백서2014] [표8-1-1, p435] http://stat.mw.go.kr/front/statData/mohwAnnalsWpView.jsp?menuId=14&nttSeq=21531&bbsSeq=1&nttClsCd=01

보건분야 예산이 작아서 독립이 어려운지는 잘 모르겠습니다만... 구글링 및 위키 검색에서는 오히려 더 많은 국가들이 department of health가 독립되어 있고(영국, 캐나다, 호주 등) welfare를 함께 다루는 국가(미국, 일본)들이 더 소수네요. 미국 같은 경우는 모든 주정부내에 health agency를 독립시켜서 갖춰서 보건 이슈에 대응하도록 되어있네요.
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_health_departments_and_ministries

이분이 메르스 환자로 확진된다면 방역 실패를 의미한다고 봐야 할 겁니다. (수정합니다.. 곰곰히 생각해보니 격리대상이라는 말을 믿어 준다면 꼭 실패는 아닙니다. 진단 프로세스에 문제가 있을 수는 있겠습니다.) 격리대상이었다고는 하는데.. 급격히 이환되어서 사망할 수 있기는 하지만, 확진도 되기 전에 사망을 한다는건 기저질환이 있다고 하더라도 이례적일거에요. 여튼 현재로는 정보가 부족합니다. 이제는 정보 공개를 좀 하고 민간을 포함한 체계를 다시 짜야 할 것 같습니다. 메르스가 나와도 환자의 기저질환때문에 사망할 수 있기 때문에 속단은 좀 이릅니다. 감염자라고 하더라도 3차감염자는 아닙니다 (원 감염자랑 접촉 병력이 있으므로 2차감염자입니다). 다른 보도에 의하면 급성호흡부전이라고 하고, 이러면 정황적으로 메르스 가능성이 높아지는거 같긴 합니다.

롯데월드 가는거 자체에 대해선 큰 문제는 없지 않을까 싶습니다만.. 건강 관련 리스크라는게 주관적이라 찝찝하면 안하는게 낫긴 합니다.