원래 재레드 다이아몬드가 "디스커버리" 지에 1998년에 기고한 내용이고 한국어판 "총균쇠"에도 나와있는 내용입니다.  
http://discovermagazine.com/1998/jun/japaneseroots1455

오래된 내용이지만 서양인의 관점에서 한국인과 일본인의 관계를 서술한 내용이라 참고하시면 좋을 것 같습니다.

제 나름대로 요약해 보면

1. 한국인과 일본인은 외모와 유전적으로 매우 흡사하다. 현대 일본에서도 아이누족을 제외하고 일본인 대부분이 유전적으로 유사하다. 아이누어와 현대 일본어는 전혀 관계가 없어 보인다.  (아이누족의 조상인 조몬인을 대체한 야요이인,  미토콘드리아 (Mitochondria) 와 인류의 여정  http://pgr21.com/?b=8&n=64967 )

2. 현대 일본인은 비교적 최근 (BC400전부터) 에 동아시아 즉 한반도에서 벼농사와 철기를 가지고 이주한 사람들의 후손이다. 특히 한반도에 비해 일본의 규슈지역은 벼농사를 짓기에 더 적합한 환경이어서 한반도에서 오랜 시간동안 수백만명의 이주자들이 일본으로 이동했고 당시 일본전역에 75000명정도로 추정되는 조몬인들을 압도했을 것이다. 물론 비교적 소규모로 이동해서 높은 생산성으로 급격히 인구가 증가해서 조몬인을 압도했을 수도 있다. 당시 농경을 하는 식량생산자들이 급격한 인구증가로 농경을 받아들이지 않는 수렵채집민들을 압도하는게 일반적이었다. (중국, 메소포타미아, 나일 지역에서 그랬고 근래에 북미 서부 인디언, 호주 원주민, 남아프리카 산족 등의 수렵인들을 몰아냈다.)

3. 한국어와 일본어는 알타이 어족 중 고립된 언어로 간주되며 한국어와 일본어는 다른 알타이어에 비해 밀접한 관계가 있을 것으로 의심된다.

4. 한국어와 일본어는 일반 문법 체계와 기본 어휘가 약 15%정도만 공유하는데 이는 약 5000년 전부터 서로 분리되었음을 유추할 수 있다.
(스페인어와 프랑스어는 분리된 지 2000년도 되지 않아서 유사점이 많다.)

5. 현대 아이누어는 북부 조몬인 언어로부터 유래한 것이라 현대 일본어와 전혀 관계가 없으며 그나마 현대 일본어에 흔적을 남긴 남부 조몬인들의 언어는 폴리네시아, 인도네시어, 타이완 토착어가 속하는 오스트로네시아 어족에 속했을 것으로 예상된다. 지금은 사멸되었고 모음으로 끝나는 음절 즉 개음절 선호 현상 등으로 일부 현대 일본어에 흔적이 남아있다.

6. 한반도는 AD676년 신라가 통일하기 전까지 여러 나라로 분열되어있었고 현대 한국어는 통일을 이룬 신라의 언어로부터 유래한 것으로 보인다.

7. 당시 일본과 신라는 그다지 긴밀한 관계가 아니었고 고대 고구려나 백제의 언어는 현재 거의 사멸되었고 일부 전해지는 고구려어의 단어는 현대 한국어보다는 옛 일본어와 유사하다.

8. 한반도에서 신라가 삼국을 통일 되기 전 한반도의 언어는 보다 다양한 형태를 띠었을 것이며 일본에 전해진 현대 일본어의 기원이 되는 한반도의 언어 (고대 고구려어나 백제어) 는 현대 한국어의 기원이 된 신라의 언어와는 크게 달랐을 것이다. (고대 고구려어, 백제어, 신라어는 위에서 언급한 것처럼 5000년 전에 분리되기 시작했음을 알 수 있다.)

9. 이런 이유로 한국인과 일본인은 외모와 유전자에서는 매우 유사하지만 언어는 비교적 다른 편이다.  


아주 오래된 내용이지만 현대 한국어와 일본어, 그리고 한국인과 일본인을 이해하는데 많은 도움을 될 것 같습니다.